Na maioria das vezes, a colite pseudomembranosa desenvolve-se sob a influência do uso prolongado de antibióticos ampicilina, lincomicina, clindamicina, cefalosporinas, menos freqüentemente penicilina, eritromicina, levógetina, tetraciclina. Clostridium difficile é uma haste anaeróbica gram-positiva que é capaz de produzir dois tipos de exotoxinas de toxina A e toxina B. Há quatro razões principais para o desenvolvimento de colite pseudomembranosa associada a C. Difficile.
