Alloimmune, ou isoimmune, neutropenia de recém nascidos ocorre no feto devido à incompatibilidade antigênica dos neutrófilos do feto e da mãe. Os isoanticorpos da mãe pertencem à classe IgG, eles penetram na barreira placentária e destroem os neutrófilos da criança. Isoantibodies são geralmente leukoagglutininas, eles reagem com as células do paciente e seu pai, não reagem com as células da mãe.