Determinar o agente causador é crucial para confirmar o diagnóstico de pneumocistose. O material principal para o estudo é o escarro, a secreção brônquica, a lavagem de água obtida pela lavagem dos brônquios ou lavagem broncoalveolar, pedaços de tecido pulmonar com biópsia transbrônquica, percutânea ou aberta. Na maioria das vezes, devido à condição grave do paciente, essas manipulações não são realizadas para evitar complicações.