Deficiência congênita de enterocinase foi descrita, bem como deficiência enzimática transitória em bebês extremamente prematuros. Como resultado da deficiência de enterocinase, a conversão de tripsinogênio em tripsina é interrompida, o que resulta na degradação de proteínas no intestino delgado. Em patologias duodenais, a deficiência de duodenase também é possível, levando à deficiência de peptidase.