Alguns tipos de hepatite autoimune não têm causa claramente identificada, enquanto outros estão associados a agentes conhecidos, como o ácido tiênico (um diurético), ou a doenças como hepatite C e D. Em geral, a hepatite autoimune de etiologia desconhecida tem um quadro clínico mais dramático, com maior atividade de transaminases séricas e níveis de γ-globulina, histologia hepática sugerindo maior atividade do que em casos de etiologia conhecida e melhor resposta à terapia com corticosteroides.