A encefalite com varíola é uma doença infecciosa-alérgica grave. A encefalite na varíola se desenvolve no 3º-7º dia após o aparecimento de erupções cutâneas. Raramente a encefalite ocorre em períodos posteriores ou no período pré-eclamps. Há hipertermia, coma, convulsões, sintomas meníngeos, distúrbios piramidais e extrapiramidais.