A determinação de anticorpos contra a fração microsomática da glândula tireoidea é usada para diagnosticar tireoidite autoimune e hipotireoidismo, no qual o nível de anticorpos no sangue aumenta. Os anticorpos contra os microssomas tireoidianos formam complexos imunes na superfície celular, ativam o complemento e os linfócitos citotóxicos, o que leva à destruição celular e à formação de um processo inflamatório na glândula tireoidea.