A detecção e diferenciação de protozoários (distinção de formas patogênicas de não patogênicas) é uma tarefa bastante complicada. A maioria dos organismos unicelulares em fezes são encontrados em duas formas: vegetativo (fase trofozoíto) -, móvel, actividade activo vida, consequências facilmente susceptíveis deletérios (em particular, o arrefecimento) e, assim, rapidamente morrer após isolamento a partir do intestino, e como resistente a influências cistos externos ( oocisto).
