A detecção e diferenciação de protozoários (distinguir formas patogênicas de não patogênicas) é uma tarefa bastante complexa. A maioria dos organismos unicelulares nas fezes é encontrada em duas formas: vegetativa (estágio de trofozoíto) - ativa, móvel, vital, facilmente suscetível a efeitos nocivos (em particular, ao resfriamento) e, portanto, morrendo rapidamente após a excreção intestinal - e na forma de cistos (oocistos), resistentes a influências externas.